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1987年中山醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院派出以梅驊教授為首的醫(yī)療專家團(tuán)隊(duì)，建立了內(nèi)科、外科、骨科、腫瘤、婦科、兒科、中醫(yī)、口腔、五官科等多學(xué)科的中山醫(yī)科大學(xué)深圳醫(yī)療中心。我院于1997年將醫(yī)療中心升級(jí)為醫(yī)院，并確立了以泌尿外科為重點(diǎn)發(fā)展方向的中山醫(yī)科大學(xué)深圳泌尿外科醫(yī)院。同年附屬第一醫(yī)院莊廣倫教授帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)在我院創(chuàng)建了深圳市首家生殖醫(yī)學(xué)中心，并于1998年在我院誕生了深圳市首例試管嬰兒。2003年我院改制，正式更名為深圳中山泌尿外科醫(yī)院。
　　我院創(chuàng)造了許多深圳第一、中國第一，乃至世界第一，例如深圳市第一例腹腔鏡手術(shù)，深圳首例第一、二、三代試管嬰兒，中國第一個(gè)變性手術(shù)、世界第一例原核移植等。并成立“深圳中山生殖與遺傳研究所”及“深圳市博士后創(chuàng)新實(shí)踐基地” 。市衛(wèi)人委批準(zhǔn)泌尿外科和生殖實(shí)驗(yàn)室為“深圳市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科（重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）”；生殖醫(yī)學(xué)中心獲深圳市科創(chuàng)委批準(zhǔn)建立“深圳圍著床期生殖免疫重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”；獲市衛(wèi)人委醫(yī)院批準(zhǔn)與復(fù)旦大學(xué)婦產(chǎn)科醫(yī)院共建生殖免疫聯(lián)合研究。生殖醫(yī)學(xué)中心于2016、2017年分別獲深圳市科技進(jìn)步獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)和全國婦幼健康科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)。我院連續(xù)八年榮獲深圳市醫(yī)保信用等級(jí)AAA單位。2018年5月，在300多家候選醫(yī)院中榮獲由麥肯錫咨詢公司及丁香園攜手舉辦的2017年度中國醫(yī)療機(jī)構(gòu)最佳雇主全國民營醫(yī)院十強(qiáng)等六大獎(jiǎng)項(xiàng)。